U muzeju manastira se nalaze vrijedni predmeti iz srednjovjekovne prošlosti: epitrahilj Save Nemanjića, kruna Stefana Dečanskog crkvena zastava Balšića, pečat i štap Ivana Crnojevića. 

Tu se nalazi i vrijedna zbirka ikona i srednjovjekovnih rukopisa, nastalih na pergamentu ili hartiji, kao i mnoge rijetke knjige, medju kojima i “Oktoih”, štampan 1493/94, u prvoj ćiriličnoj štampariji Ivana Crnojevića.
U Cetinjskom manastiru se nalaze i dvije hrišćanske relikvije: Ruka Svetog Jovana Krstitelja i Čestica Časnog Krsta.

Prema hrišćanskom predanju, prorok Jovan je krstio Isusa u vodi Jordana, na čiju je obalu došao da bi propovijedao i pripremio narod na dolazak Spasitelja. Po nalogu cara Iroda, kažnjen je odrubljivanjem glave, a njegovo tijelo je sahranjeno u samarskom gradu Sevastiji.

Dalju sudbinu ove hrišćanske relikvije dobrim dijelom su odredjivali istorijski dogadjaji, tako da je ona iz Antiohije poslije 9 vijekova, prenijeta u Jerusalim, Konstatinopolj, na Rodos i na Maltu. Ruskom caru Pavlu I, vitezovi Maltšekog reda predali su je 1799. godine, zajedno sa dijelom časnog krsta na kojem je Isus Hrist bio razapet i čudotvornom ikonom Bogorodice Filermske, poslje čega se ona nalazila u carskoj rezidenciji u Gatcini i potom u crkvi Zimskog dvorca u Sankt Peterburgu.
 

Prema raspoloživim izvorima, poslije revolucije 1917. godine, relikvije su prenijete iz Rusije. Do smrti ih je čuvala Marija Fjodorovna, majka posljednjeg ruskog cara Nikolaja Romanova. Poslije njene smrti, njene kćeri su predale relikviju ruskom mitropolitu Antoniju (Hrapovickom). Mitropolit je svetinje smjestio u pravoslavni hram u Berlinu, a onda zajedno sa njima se preselio u Srbiju, u Sremske Karlovce i povjerio ih kralju Aleksandru Karadjordjeviću.

Svetinje su čuvane u pridvornom hramu Svetog Andreja Prvozvanog uz Bijeli dvor na Dedinju, a po početku Drugog svjetskog rata, kralj Petar II predao ih je manastiru Ostrog, čiji ih je arhimandrit sakrio, gdje su ostale sve do 1952. godine.

Tada su ih vlasti pronašle i 1978. godine i ruku Svetog Jovana predale Cetinjskom manastiru, dok su ikonu ustupile na čuvanje cetinjskom Narodnom muzeju.

Danas, Narodni muzej Crne Gore na Cetinju je složena muzejska ustanova koju čini: Istorijski muzej Crne Gore, Etnografski muzej Crne gore, Dvor kralja Nikole i Njegošev muzej.